home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Shareware Overload Trio 2 / Shareware Overload Trio Volume 2 (Chestnut CD-ROM).ISO / dir28 / tack_321.zip / TACK.DOC < prev    next >
Text File  |  1993-12-16  |  66KB  |  1,198 lines

  1. Tack
  2.  
  3. The Manual
  4.  
  5.  
  6. Introduction:
  7.      This manual describes the operation of the Tack data analysis
  8. program.  The current revision of this program is 3.20.  This
  9. software and manual are copyright 1993 through 1989 by George B.
  10. Grant, Somerville, MA  02144.
  11.  
  12. Compatibilities:
  13.      Tack runs on IBM PC compatible computer systems.  It operates
  14. entirely in graphics mode.  As such, it requires a compatible
  15. graphics display adapter.  Tack supports all major display adapters
  16. (Hercules, CGA, EGA, VGA) and has drivers for several other
  17. graphics display adapters including Super VGA. Tack works with a
  18. Microsoft compatible mouse.
  19.      Tack is a data analysis program.  It can read data files
  20. created by Patchit, Ninja or those written in the pClamp version
  21. 5.1 file format.
  22.  
  23. Starting Up:
  24.      Tack runs entirely in graphics (not text) mode.  In order for
  25. it to run, a graphics driver for the graphics adapter that is
  26. installed in the computer must be available in the directory in
  27. which the Tack executable file is.  These drivers have the file
  28. extension ".bgi".  The drivers required for the following screen
  29. types are as follows:
  30.      Display Adapter                         Display Driver
  31.      Hercules (Hercules Graphics Adapter)         herc.bgi
  32.      CGA (Color Graphics Adapter)            cga.bgi
  33.      EGA (Enhanced Graphics Adapter)              egavga.bgi
  34.      VGA (Video Graphics Adapter)            egavga.bgi
  35.      Super VGA                          svga16m.bgi
  36.           (Supports several common SVGA cards and the VESA standard
  37. SVGA interface)
  38.      IBM 8514 Graphics Adapter                    ibm8514.bgi
  39.      AT&T 400-Line Graphics Adapter               att400.bgi
  40.      3270 PC Graphics Adapter                pc3270
  41.  
  42.      By default, Tack will automatically try to detect the proper
  43. graphics driver for the computer.  If the proper driver is not
  44. found by Tack (in the same directory as Tack) when it is started it
  45. will end with an error message.  Otherwise the program will start
  46. and Tack's main screen will appear.
  47.  
  48. The Screen:
  49.      Tack's main screen is divided into three areas.  The menu bar
  50. is on the top of the screen, it allows the user to access all of
  51. the Tack's commands.  The right-most portion of the menu bar shows
  52. the amount of free conventional (real mode) memory available for
  53. Tack's use.  The lower part of the screen shows the status line. 
  54. This line displays information about the current status of the
  55. program (which data file, channel and record is currently
  56. selected).  The data display area fills the screen between the menu
  57. bar and the status line.
  58.  
  59. General:
  60.      Tack is a data analysis program.  It can load multiple data
  61. files.  Each file will be loaded into its own "buffer".  New
  62. buffers can be created by the copy buffer operation or by the
  63. result of adding, subtracting or averaging existing buffers.  A
  64. buffer, like a file, can contain multiple channels of data and
  65. multiple records (a record is equivalent to a Clampex "episode"). 
  66. Most of Tack's functions work on individual buffers, and these
  67. commonly default to the current buffer.  The current buffer is
  68. indicated on the status line at the bottom of the screen.  Buffers
  69. are named with the letters of the alphabet and the current buffer
  70. can be changed (when no menus are active) by typing the letter of
  71. that buffer.  The current buffer can be changed to the
  72. next/previous buffer by typing the up/down arrow key.  Similarly,
  73. the current channel (in the current buffer) can be changed (when no
  74. menus are active) by typing the number of the channel.  Note that
  75. channels are numbered from 0 (i.e. 0 is the first channel, 1 is the
  76. second).  The current channel can be changed to the next/previous
  77. channel by typing the right/left arrow key.  If the buffer only has
  78. one channel of data then you won't be able to switch channels,
  79. obviously.  The current record works slightly differently.  When
  80. you select it (e.g., by Display:Record) it is both selected and
  81. displayed.  The next/previous record can be selected (and
  82. displayed) by typing the plus/minus key.
  83.      In many of Tacks' functions, you will need to select a range
  84. of timing within a data record.  For these cases you have the
  85. option of numerically selecting the timing (by entering the times
  86. at the prompt) or by cursor selecting the timing.  If you choose to
  87. select the timing with cursor selection, then the screen will be
  88. redrawn and the data record will be shown.  You can use the mouse
  89. or cursor keys to move the cursor.  The home and end keys move the
  90. cursor to the beginning and end of the data trace respectively. 
  91. The left and right arrow keys move the cursor to the one data point
  92. to the left and right on the data trace respectively.  Holding down
  93. the shift key while typing the left and right arrow keys causes the
  94. cursor to move by the step indicated by the "step" value shown on
  95. the top line of the screen.  This step value can be changed by
  96. typing the plus key, which doubles this value (it eventually rolls
  97. over).  Holding down the CTRL key while typing the left and right
  98. arrow keys causes the cursor to move by 1/20th of the width of the
  99. displayed data.  The cursor can be moved under mouse control by
  100. holding down the left mouse button and moving the mouse to the left
  101. and right.  NOTE that if there are more data points in the
  102. displayed data trace than there are points on the screen, then the
  103. cursor (while under mouse control) will not move in increments of
  104. the data points.  For the finest control of timing you will need to
  105. use the cursor keys in this case.  Typing the "ESC" key allows you
  106. to cancel the timing selection operation.  Typing the Enter key, or
  107. the right mouse button accepts the timing for this cursor.  During
  108. the cursor selection operation, the value (both real and 12-bit) of
  109. the data and the time will be shown on lower line of the screen.
  110.  
  111. Help:
  112.      On-line help is available throughout Tack.  Just type the F1
  113. key and a relevant help message will pop up.  The help file
  114. "Tack.hlp" must be in the same directory as Tack and the graphics
  115. driver files.
  116.  
  117. Accessing the Menus:
  118.      The menu bar has a series of pull down menus.  A menu (e.g.
  119. "File") can be accessed in a number of ways.  1) A menu can be
  120. pulled down by clicking on the desired menu entry with the mouse. 
  121. 2)  A menu can be pulled down by holding down the ALT key while the
  122. selection letter of the desired menu is typed (the selection letter
  123. is usually the first letter of the word and is shown underlined and
  124. in a different color from the rest of that word (unless the current
  125. graphics display only supports two colors, or the color
  126. configuration has been messed with)).  For example, to pull down
  127. the File menu, type ALT-F.  3)  A menu can be pulled down by first
  128. activating the menu bar with the F10 or "/" key.  The file menu
  129. will drop down, but not be selected.  The selection letter of any
  130. of the main menu items can then be typed in order to access that
  131. particular menu.
  132.      Certain functions on the individual menus can be accessed
  133. directly, without pulling down the menus, by typing a hot-key (the
  134. hot-keys are shown to the left of a menu entry, on its menu).  For
  135. instance, the F8 key will cause Tack to load a data file if pressed
  136. when the menu bar is not activated.
  137.  
  138. The Menus:
  139.  
  140. File Menu:
  141. Load File:  Selecting this option allows the user to load a new
  142. data file into Tack.  If there are data files in the current
  143. directory (files with the extension ".dat"), a selection box will
  144. appear listing the available data files.  A data file may be cursor
  145. selected from this box (with the mouse or keyboard) or else the
  146. name of a file may be typed in (do not type the ".dat" extension). 
  147. To change directories, type the F2 key, or click the left mouse
  148. button in the upper, directory, window and type the pathname of the
  149. desired directory.  The list of data files will be updated for this
  150. new directory.
  151.  
  152. Save File:  Selecting this option allows the user to save the
  153. contents of the currently selected buffer to a new data file.  You
  154. will be prompted to specify the name of the data file (do not type
  155. the ".dat" extension).  If a file of this name already exists, Tack
  156. will warn you and give you the option of overwriting that file or
  157. else of choosing a new filename.  You will then be asked if you
  158. wish to keep the original file's time stamp.  If you specify that
  159. you want to do that thing, then the file creation date and time
  160. will be set to that of the original file.  If you specify not
  161. (don't keep original file time stamp), then the creation date and
  162. time will be set to the current date and time.  This option is very
  163. useful if you like to sort your files by date.
  164.  
  165. Export:  Selecting this option allows the user to export data from
  166. Tack in a variety of numerical formats.  The export menu has eleven
  167. options:
  168. Buffer:  Selecting this item allows the user to specify the buffer
  169. whose data will be exported.  The buffer selection box lists the
  170. letter corresponding to the buffer and the name of the file that
  171. was originally loaded into the buffer (unless the buffer contains
  172. the result of a combination (addition, subtraction, etc.) of data
  173. from two or more buffers, in which case the name is "untitled").
  174. Channel:  Selecting this item allows the user to select the channel
  175. of data in the specified buffer that will be exported.  Only one
  176. channel of data may be exported in a single operation.  If you need
  177. to export data on multiple channels, you will need to perform the
  178. export operation separate times, creating multiple files.
  179. Records:  Selecting this item allows the user to select which
  180. records of data in the selected buffer, on the selected channel are
  181. to be exported.
  182. Time:  Selecting this item allows the user to select the timing of
  183. the data to be exported.  The user has the option of cursor
  184. selecting the timing from the data traces or else of entering the
  185. times numerically.
  186. Format:  Selecting this item allows the user to specify the export
  187. format for the data.  Two formats are available, Ascii and
  188. Asystant+.  The Ascii format is a text file containing the data as
  189. numbers separated by a user-specified character (the comma ","
  190. character is typically used).  The Asystant+ format writes a binary
  191. data file that can be read by the Asystant+ data analysis program.
  192. X Values:  Selecting this item allows the user to select what
  193. values will be written in the data file for the X axis (the
  194. right-most column of data).  This option is not available for the
  195. Asystant+ export format.  Three X axis options are available:
  196. Time:  The time (in milliseconds) of the data point.
  197. Point #:  The numerical point (beginning from 0) in the data at
  198. which the point occurs.
  199. None:  No value is entered for the X axis.
  200. Y Values:  Selecting this item allows the user to select the format
  201. of the values that are to be exported from the data.  The normal
  202. format is "Real Values", which causes the values to be the true
  203. value of the data (this takes into account the gain).  The other
  204. format is "12 Bit" in which case the values written are the 12-bit
  205. values (-2048 -> 2047) recorded by the data acquisition board.
  206. Sample:  Selecting this item allows the user to select whether or
  207. not to undersample the data in the exported file.  The data can
  208. either not be undersampled or else undersampled by a factor as much
  209. as 20 (every twentieth data point is written to the data file). 
  210. This feature is useful if your exported data files are too large.
  211. Go!:  Selecting this item causes the export operation to begin. 
  212. You will be prompted for the name of the file to which the data
  213. will be exported.  If a file of this name already exists, Tack will
  214. warn you and give you the option of overwriting the file or else of
  215. choosing a new name.
  216. Quit:  Selecting this item cancels this operation and the data is
  217. not exported.
  218.  
  219. DOS Shell:  When this is selected the user temporarily exits to DOS
  220. to perform simple commands.  In order to allow this, Tack "spawns"
  221. a copy of the DOS command interpreter.  Note that Tack is still
  222. loaded in memory so there will be less DOS memory available to
  223. execute a command.  Type "EXIT" at the DOS command line ("C:\>") to
  224. return to Tack.
  225.  
  226. Plot:  When this option is selected Tack plots (or prints) data
  227. traces to the currently selected printer/plotter using the
  228. currently displayed data as its guide.  If a printer/plotter has
  229. not been selected then Tack will nag you to select one (see
  230. Config:Printer).
  231.           If Tack has been configured to print to file, you will be
  232. prompted for the name of the file to write.  You will then be
  233. prompted to hit any key to begin printing, you may abort the
  234. process here with the ESC key or the right mouse button. 
  235. Otherwise, Tack will print/plot.  As mentioned, Tack uses what is
  236. on the screen as its guide for printing.  All displayed buffers
  237. will be printed at their current scale factor.  If scale bars are
  238. displayed (see Display:Scale Bars), then they will be printed. 
  239. Note that Tack will only print once per buffer.  That means that if
  240. you have displayed data records from a single buffer more than once
  241. on the screen (for instance using different magnifications) then
  242. only one will be printed/plotted.
  243.  
  244. About:  When this option is selected Tack will display informative
  245. things about itself, these can be selected from the submenu:
  246. Data:  Selecting this item causes information to be displayed about
  247. the data stored in one of Tack's buffers.  If more than one buffer
  248. is loaded, then you will be prompted for the buffer to display
  249. information about.  A menu appears with the following items:
  250. A/D Info:  General information about the data and how it was
  251. sampled.
  252. Gain List::  Displays the gains for all of the channels and records
  253. of data in the buffer.
  254. D/A Info:  Displays information about the Output waveform used
  255. during data acquisition.
  256. Comments:  Displays any comments recorded with the data file.
  257. Quit:  Closes the menu.
  258. Memory:  Selecting this item causes a box to appear citing
  259. information about the memory available and in use by Tack.  There
  260. are three types of memory used by Tack.
  261. Conventional Memory:  This is the memory used by all DOS real mode
  262. programs  it is limited to a maximum of 640 Kilobytes (KB).  Tack
  263. will show you the total amount and the amount available.
  264. XMS Memory:  This is memory above the 1 Megabyte boundary that can
  265. be accessed by Tack if an XMS driver (such as Microsoft's
  266. Himem.sys) is loaded.  XMS memory allows Tack to store a great deal
  267. of data without filling up the DOS (conventional) memory area.  If
  268. XMS is available Tack will store data in it.  The handle to and the
  269. amount of XMS memory used by each buffer are shown.
  270. Disk Memory: This shows the total amount and available amount of
  271. disk space on the current disk.
  272. Tack:  Selecting this item causes a box to appear citing
  273. information about Tack (it's current revision level), a copyright
  274. notice and information about its author (me!).
  275.  
  276. Quit Program:  Selecting this item allows the user to exit the
  277. program.
  278.  
  279. Buffer Menu:
  280. Copy Buffer:  Selecting this option allows the user to copy the
  281. data in one of Tack's buffers to another buffer.  The copy buffer
  282. menu has four entries:
  283. Source Buffer:  This is the buffer from which the data is to be
  284. copied.  If only one buffer is loaded, then this is automatically
  285. set to that buffer.  Otherwise, selecting this item brings up a
  286. selection box from which the user can choose the buffer to copy
  287. from.
  288. Dest Buffer:  The buffer to which the data is to be copied. 
  289. Selecting this item brings up a selection box from which the user
  290. can select the buffer to copy to.  The user can either overwrite
  291. existing data in an already loaded buffer or else copy into a new
  292. buffer.
  293. Go!:  Selecting this item causes the buffer to be copied.
  294. Quit:  Selecting this item cancels this operation and the buffer is
  295. not copied.
  296.  
  297. Delete:  Selecting this option allows the user to delete various
  298. things from Tack's memory (not disk).  The delete menu has five
  299. entries:
  300. Buffer:  Selecting this allows the user to delete the contents of
  301. a single buffer.  Select the buffer you wish to delete from the
  302. selection box that appears.  Once a buffer is deleted, all buffers
  303. above it are shifted down.  So, if you have four buffers loaded
  304. (A-D) and delete buffer B, then you will end up with three buffers
  305. (A-C), where buffer B now contains what was in C previously and
  306. buffer C contains what was in D previously.
  307. All Buffers:  Selecting this allows the user to delete all data
  308. that is loaded in Tack. The contents of all buffers are deleted.
  309. Channel:  Selecting this allows the user to delete a single channel
  310. of data from the current buffer.  If there is only one channel of
  311. data in the current buffer, then the entire buffer will be deleted. 
  312. The current buffer is shown on the bottom of the screen on the
  313. status line.  
  314. Records:  Selecting this allows the user to delete a range of data
  315. records from the current buffer.  If you select all of the records
  316. in the buffer, then the entire buffer will be deleted.  The current
  317. buffer is shown on the bottom of the screen on the status line.  If
  318. the current buffer contains multiple channels of data, then the
  319. selected range of records will be deleted from all channels in the
  320. buffer.
  321. Quit:  Selecting this item exits from this menu.
  322.  
  323. Modify:  Selecting this option allows the user to modify various
  324. aspects of data that is loaded in Tack's memory (not disk).  The
  325. modify menu has five entries:
  326. Sampling Int:  Selecting this allows the user to change the
  327. sampling interval of the data in the current buffer.  The value for
  328. the sampling interval entered here must be larger than the existing
  329. sampling interval, and must be an integer multiple of the old
  330. value.  Tack will enforce this.
  331.      NOTE: It is not good practice to change the sampling interval
  332. of data after it has been recorded.  This feature was implemented
  333. as a means of reducing the number of data points for generating
  334. HPGL plots (as some programs to which HPGL data is imported cannot
  335. handle HPGL plots with large numbers of points).
  336. Timing:  Selecting this allows the user to change the timing of the
  337. data in the current buffer.  The new timing range can be entered
  338. either numerically or graphically (by cursor selecting the timing
  339. in the data trace with the mouse and cursor keys).
  340. Gain:  Selecting this item allows the user to change the gain for
  341. the data in the current buffer.
  342.      NOTE:  The gain of the data is not likely to change after the
  343. data has been recorded.  This feature was implemented in order to
  344. allow you to correct for stupid errors.
  345. Data:  Selecting this allows the user to change the values of the
  346. data loaded into Tacks' buffers.  The modify data menu has five
  347. options:
  348. Buffer:  This allows the user to select the buffer whose data will
  349. be modified.
  350. Channel:  This allows the user to select the channel of data in the
  351. selected buffer whose data will be modified.
  352. Records:  This allows the user to select which data records, on the
  353. selected channel, in the selected buffer, will be modified.
  354. Operation:  This allows the user to select the operation to perform
  355. on the data.  Five operators are available, these allow the user to
  356. combine the selected data with a user-specified factor:
  357. * Multiply:  This multiplies the selected data by a user-specified
  358. factor.  The user will be queried as to whether to scale the gain
  359. of the data accordingly.  You would typically answer yes.
  360. / Divide:  This divides the selected data by a user-specified
  361. factor.  The user will be queried as to whether to scale the gain
  362. of the data accordingly.  You would typically answer yes.
  363. + Add:  This adds to the data a user-specified factor.  Note that
  364. in this case, the user-specified factor is 12-bit, i.e., -2048 to
  365. 2047. 
  366. - Subtract:  This subtracts from the selected data a user-specified
  367. factor.  Note that in this case, the user-specified factor is
  368. 12-bit, i.e., -2048 to 2047.
  369. Separate Recs:  This separates (staggers) the data records from
  370. each other by a user-specified factor.  Note that in this case, the
  371. user-specified factor is 12-bit, i.e., -2048 to 2047.
  372. Go:  Selecting this causes the selected operation to be performed
  373. on the selected data.
  374. Quit:  Selecting this closes the menu.  The selected operation is
  375. not performed on the selected data.
  376. Quit:  Selecting this item exits this menu.
  377.  
  378. Add:  Selecting this option allows the user to add the data in two
  379. of Tacks' buffers together.  The resultant data may be stored in
  380. another buffer or overwrite one of the original buffers.  Between
  381. the two buffers, channel 0 is added to channel 0, channel 1 is
  382. added to channel 1, etc., and record 1 is added to record 1, record
  383. 2 is added to record 2 etc.  If the buffers have unequal numbers of
  384. records or channels, then Tack will use the least common
  385. denominator between the two buffers.
  386.      NOTE:  Tack does not check that the gains for the two buffers
  387. are the same.  You should ensure that the data you wish to add
  388. together were recorded at the same gains!  Or else you must scale
  389. the data to compensate for the different gains (use
  390. Buffer:Modify:Data).
  391.      The add menu has five entries:
  392. X Adder:  This is one of the two buffers to add together. 
  393. Selecting this brings up a selection box from which the user can
  394. select this buffer.
  395. Y Addend:  This is the buffer which is to be added to the adder
  396. buffer (above).  Selecting this brings up a selection box from
  397. which the user can select this buffer.
  398. Z = X+Y Dest:  This is the buffer to which the result of the
  399. addition operation is to be written.  Selecting this brings up a
  400. selection box from which the user can select the destination
  401. buffer.  The user can either overwrite existing data in loaded
  402. buffers or else copy the buffer's contents to a new buffer.
  403. Go!:  Selecting this causes the buffer addition to occur.
  404. Quit:  Selecting this cancels this operation, the buffer addition
  405. does not occur.
  406.  
  407. Subtract:  Selecting this option allows the user to subtract the
  408. data in one of Tacks' buffers from the data in another buffer.  The
  409. resultant data may be stored in another buffer or overwrite one of
  410. the original buffers.  Between the two buffers, channel 0 is
  411. subtracted from channel 0, channel 1 is subtracted from channel 1,
  412. etc., and record 1 is subtracted from record 1, record 2 is
  413. subtracted from record 2 etc.  If the buffers have unequal numbers
  414. of records or channels, then Tack will use the least common
  415. denominator between the two buffers.
  416.      NOTE:  Tack does not check that the gains for the two buffers
  417. are the same.  You should ensure that the data you wish to subtract
  418. were recorded at the same gains!  Or else you must scale the data
  419. to compensate for the different gains (use Buffer:Modify:Data).
  420.      The subtract menu has five entries:
  421. X Subtractor:  This is the buffer from which the subtrahend buffer
  422. is to be subtracted.  Selecting this brings up a selection box from
  423. which the user can select this buffer.
  424. Y Subtrahend:  This is the buffer which is to be subtracted from
  425. the subtractor buffer (above).  Selecting this brings up a
  426. selection box from which the user can select this buffer.
  427. Z = X-Y Dest:  This is the buffer to which the result of the
  428. subtraction operation is to be written.  Selecting this brings up
  429. a selection box from which the user can select the destination
  430. buffer.  The user can either overwrite existing data in loaded
  431. buffers or else copy the buffer's contents to a new buffer.
  432. Go!:  Selecting this causes the buffer subtraction to occur.
  433. Quit:  Selecting this cancels the operation and the buffer
  434. subtraction does not occur.
  435.  
  436. Average:  Selecting this option allows the user to average the data
  437. in two of Tacks' buffers.  The resultant data may be stored in
  438. another buffer or overwrite one of the original buffers.  Between
  439. the two buffers, channel 0 is averaged with channel 0, channel 1 is
  440. averaged with channel 1, etc., record 1 is averaged with record 1,
  441. record 2 is averaged with record 2 etc.  If the buffers have
  442. unequal numbers of records or channels, then Tack will use the
  443. least common denominator between the two buffers.
  444.      NOTE:  Tack does not check that the gains for the two buffers
  445. are the same.  You should ensure that the data you wish to average
  446. were recorded at the same gains!  Or else you must scale the data
  447. to compensate for the different gains (use Buffer:Modify:Data).
  448.      The average menu has five entries:
  449. X Buffer 1:  This is one of the buffers to average.  Only two
  450. buffers may be averaged together.  Selecting this item brings up a
  451. selection box from which the user can select this buffer.
  452. Y Buffer 2:  This is the other buffer to average.  Only two buffers
  453. may be averaged together.  Selecting this item brings up a
  454. selection box from which the user can select this buffer.
  455. Z Destination:  This is the buffer to which the result of the
  456. averaging operation is to be written.  Selecting this item brings
  457. up a selection box from which the user can select the destination
  458. buffer.  The user can either overwrite existing data in loaded
  459. buffers or else copy the buffer's contents to a new buffer.
  460. Go!:  Selecting this causes the buffers to be averaged.
  461. Quit:  Selecting this cancels this operation, the buffers are not
  462. averaged.
  463.  
  464. Edit Menu:
  465. Normalize:  Selecting this option allows the user to subtract
  466. baseline data from data.  The normalize menu has six entries:
  467. Buffer:  This allows the user to select the buffer whose data will
  468. be normalized.
  469. Channel:  This allows the user to select the channel of data in the
  470. selected buffer whose data will be normalized.
  471. Records:  This allows the user to select which data records, on the
  472. selected channel, in the selected buffer, will be normalized.
  473. Timing:  This allows the user to select the timing of the baseline
  474. segment of the data.  The user may select the baseline timing
  475. either graphically or numerically.
  476. Go!:  Selecting this item causes the selected data records to be
  477. normalized.
  478. Quit:  Selecting this item cancels this operation, the selected
  479. data records are not normalized.
  480.  
  481. Leak Subtract:  Selecting this option allows the user to subtract
  482. a "leak" current (time-invariant current, that scales linearly with
  483. voltage) from the data.  This function is implemented for data
  484. records that represent current.  The leak subtract menu has eight
  485. entries:
  486. Buffer:  This allows the user to select the buffer whose data will
  487. be leak subtracted.
  488. Channel:  This allows the user to select the channel of data in the
  489. selected buffer whose data will be leak subtracted.
  490. Records:  This allows the user to select which data records, on the
  491. selected channel, in the selected buffer, will be leak subtracted.
  492. Input Res:  This allows the user to specify the resistance that
  493. will be used to calculate the leak current.  The user can enter the
  494. input resistance (in megaohms) or else can choose to calculate the
  495. input resistance from the data.  If you choose to calculate the
  496. input resistance, when you select go (see below), you will be
  497. transferred to function that will calculate this (see Measure:Input
  498. Resistance, below).
  499. V (mV):  This allows the user to specify the voltage range for the
  500. range of records that you wish to leak subtract.  If more than one
  501. record is specified, you will be prompted for a voltage and an
  502. increment.  The voltage, should be the voltage for the starting
  503. record, the increment specifies how much the voltage is to be
  504. incremented with each successive record.  The starting voltage
  505. should be relative to the holding potential.
  506. Timing:  This allows the user to select the range of timing in the
  507. data records that will be leak subtracted.  This timing may be
  508. selected either graphically or numerically.
  509. Go!:  Selecting this item causes the selected data records to be
  510. leak subtracted.
  511. Quit:  Selecting this item cancels this operation, the selected
  512. data records are not leak subtracted.
  513.  
  514. Average Recs:  Selecting this option allows the user to overwrite
  515. a data record in a buffer with the average of a range of data
  516. records from that buffer.  The average recs menu has six entries:
  517. Buffer:  This allows the user to select the buffer whose data
  518. records will be averaged.
  519. Channel:  This allows the user to select the channel of data in the
  520. selected buffer whose data records will be averaged.
  521. Records to Average:  This allows the user to select which data
  522. records, on the selected channel, in the selected buffer, will be
  523. averaged.
  524. Overwrite Record:  This allows the user to select the data record
  525. that will be overwritten with the average of the records specified
  526. above.
  527. Go!:  Selecting this item causes the selected data records to be
  528. averaged.
  529. Quit:  Selecting this item cancels this operation, the selected
  530. data records are not averaged.
  531.  
  532. Scale 'n Sub:  Selecting this option allows the user to subtract
  533. from a range of data records a scaled copy of the data in a given
  534. record.  The algorithm used is as follows: 
  535.           record#i = record#i - factor * model_rec,
  536.                where
  537.           factor = (i - zero_level) / (model_rec - zero_level).
  538.      The normalize menu has six entries:
  539. Buffer:  This allows the user to select the buffer whose data
  540. records will be scaled and subtracted.
  541. Channel:  This allows the user to select the channel of data in the
  542. selected buffer whose data will be scaled and subtracted.
  543. Records:  This allows the user to select which data records, on the
  544. selected channel, in the selected buffer, will have a scaled copy
  545. of the model record (see below) subtracted from them.
  546. Model Rec:  This allows the user to specify which data record to
  547. scale and subtract from the other specified records in this buffer.
  548. Zero Level:  This allows the user to specify the record at which
  549. the data traces would change sign.  This does not have to be an
  550. integer value, you may use a fractional value if needed.  This
  551. value is used in calculating the scaling factor (see above).
  552. Go!:  Selecting this item causes the scale 'n sub operation to
  553. occur.
  554. Quit:  Selecting this item cancels this operation, the scale 'n sub
  555. operation does not occur.
  556.  
  557. Smooth:  Selecting this option allows the user to smooth (low-pass
  558. filter) the data.  The smooth menu has eight entries:
  559. Buffer:  This allows the user to select the buffer whose data will
  560. be smoothed.
  561. Channel:  This allows the user to select the channel of data in the
  562. selected buffer whose data will be smoothed.
  563. Records:  This allows the user to select which data records, on the
  564. selected channel, in the selected buffer, will be smoothed.
  565. Timing:  This allows the user to select the range of timing in the
  566. selected data records, over which the data will be smoothed.  The
  567. user may select this timing either graphically or numerically.
  568. Smooth By:  Selecting this allows the user to select the smoothing
  569. method that will be used.  Three smoothing methods are available,
  570. a Gaussian filter, a moving average (rolling window) and a FFT
  571. (fast fourier transform)-based algorithm.  The Gaussian Filter
  572. lowpass filters the data with a user-specified -3db cutoff freq.
  573. This uses the algorithm from "Single Channel Recording" ed. B.
  574. Sakmann & E. Neher, Chap 11.  The moving average algorithm
  575. successively takes the local average of a number of data points
  576. around some central data point and then replaces the central data
  577. point with the average.  The FFT algorithm, performs a FFT on the
  578. data, and then low pass filters it and then reverse FFTs it.  This
  579. uses an algorithm from Numerical Recipes in C.
  580. Cutoff Freq/Window Size/Degree:  Selecting this allows the user to
  581. specify the parameter that determines the amount of smoothing that
  582. will happen to the data.  This menu entry has a different name
  583. depending on what smoothing algorithm is selected.  Cutoff freq -
  584. this specifies the -3db cutoff frequency for the Gaussian Filter. 
  585. Window Size - this specifies the width of the window over which the
  586. data will be locally averaged for the Moving Average algorithm. 
  587. Degree - this specifies the point in frequency space where the
  588. smoothing begins for the FFT algorithm.  For the latter two
  589. algorithms, higher values give more smoothing.
  590. Go!:  Selecting this item causes the selected data records to be
  591. smoothed.
  592. Quit:  Selecting this item cancels this operation, the selected
  593. data records are not smoothed.
  594.  
  595. Display Menu:
  596. Buffer:  Selecting this item allows the user to select the current
  597. buffer.  If more then one buffer is loaded, a selection box will
  598. appear from which the user can select a buffer.  The current buffer
  599. is indicated on the status line at the bottom of the display. 
  600. Buffers may also be selected with the up or down cursor keys or by
  601. typing the letter of the buffer (these only work no menu is
  602. currently selected).
  603.  
  604. Channel:  Selecting this item allows the user to select the current
  605. channel of data in the current buffer.  The current channel is
  606. shown on the status line on the bottom of the display.
  607.  
  608. Record:  Selecting this item allows the user to select the current
  609. data record in the current buffer on the current channel.  The
  610. current record is then displayed on the screen.  This differs from
  611. the Display:Buffer and Display:Channel in that in addition to
  612. selecting the record, the data is also displayed on the screen. 
  613. The current record is shown on the status line on the bottom of the
  614. display.
  615.  
  616. Clear Screen:  Selecting this option clears the data display area.
  617.  
  618. All Records:  Selecting this option causes all of the records in
  619. the currently selected buffer on the currently selected channel to
  620. be displayed in the data display area.  The current record is set
  621. to the last record in the buffer.
  622.  
  623. Zoom:  Selecting this option allows the user to zoom in on (or
  624. reset the zoom of) the currently displayed data records.  The zoom
  625. menu has four options.
  626. Dynamic:  This allows the user to select the scale factor, offset
  627. factor and range of timing used for zooming in on the data, in a
  628. dynamic fashion.  The user marquee-selects the part of the data
  629. traces to zoom in on.  All displayed data traces are redrawn to
  630. zoom in on the selected area.
  631.           Select the area in the data traces that you want to zoom
  632. in on.  Use the mouse or keyboard:  Marquee-select a region using
  633. the mouse (click and drag).  Once you release the mouse button you
  634. will zoom in.  Or: Use the cursor keys to move the box.  Hold the
  635. shift key down while using the cursor keys in order to resize the
  636. box.  For both of these ops, the amount of box movement for each
  637. keystroke is controlled by the step factor, which can be increased
  638. or decreased using the + and - keys.  Hit return when done, or else
  639. cancel with ESC.
  640. Manual:  Selecting this allows you to set the scale factor, offset
  641. factor and timing range used for scaling manually.  You will select
  642. these values for a single buffer at a time and any displayed data
  643. for this buffer will be redrawn at the new zoom factors.  There are
  644. six entries on the manual zoom menu.
  645. Buffer:  This allows you to select the buffer whose data records
  646. you will be setting the scale, offset and timing ranges for.
  647. Scale by:  This allows you to enter manually the scale factor at
  648. which records are displayed (magnified by).  When you enter a value
  649. for this parameter, all displayed records will redraw at this scale
  650. factor.
  651. Offset:  This allows you to enter manually the offset factor by
  652. which records are vertically offset when displayed.  0 would cause
  653. no offset, 1.0 would cause the displayed records to move to the top
  654. of the screen, -1.0 to the bottom of the screen etc. If a number is
  655. entered for this parameter, all displayed records will redraw using
  656. this offset factor.
  657. Timing:  This allows you to enter manually the range of timing over
  658. which records in the currently selected buffer will be displayed.
  659. Reset:  This causes the scale factor, offset factor and timing
  660. range to be reset for the currently selected buffer.  All displayed
  661. records for the currently selected buffer are redrawn.
  662. Quit:  Selecting this exits this menu.
  663. Reset:  This causes the scale factor, offset factor and timing
  664. range to be reset for all displayed data in ALL buffers.  All
  665. displayed records are redrawn.
  666. Quit:  Selecting this exits this menu.
  667.  
  668. Scale Bars:  This allows the user to display scale bars for your
  669. data.  The scale bars are displayed for the data in the currently
  670. selected (and displayed) record, on the selected channel in the
  671. selected buffer.  The scale bar menu has five entries.
  672. Height:  This allows the user to enter the height, or amplitude of
  673. the scale bar.
  674. Width:  Enter the width (in msec) of the scale bar.
  675. Label?:  This allows you to select whether or not to label the
  676. scale bars.
  677. Go!:  Selecting this draws and allows you to control the placement
  678. of the scale bars.  The screen clears and you can move and change
  679. the orientation of the scale bars.  Use the cursor keys or mouse to
  680. move the scale bars around the screen.  The "+" key changes the
  681. cursor key movement increment.  Hitting The space bar rotates the
  682. scale bars.  Hit Enter when done, or ESC to cancel.
  683. Quit:  Selecting this cancels the operation, the scale bars are not
  684. drawn.
  685.  
  686. Measure Menu:
  687. Dynamic Scan:  Selecting this allows the user to take measurements
  688. from the current record, on the current channel in the current
  689. buffer.  Using the cursor, you can measure values and times from
  690. the data.  The lower line of the screen indicates the value of the
  691. data at the time where the cursor is.  Use the cursor keys or the
  692. mouse to move the cursor (vertical scan bar).  For cursor movement,
  693. the + key changes the movement increment.  Ctrl-Cursor Keys make
  694. bigger jumps. The Enter key (or right mouse button) drops the 1st
  695. cursor and starts a second cursor.  The ESC key aborts the dynamic
  696. scan operation.  If two cursors are in place then hitting the F2
  697. key will calculate the mean of the data over the timing range,
  698. hitting the F3 key will calculate the minimum and maximum values of
  699. the data over the timing range, hitting the F4 key will calculate
  700. the area under the curve for the timing range.  Hitting the F5 key
  701. fits a line (mx+b) to the data for the timing range.
  702.  
  703. Values:  Selecting this allows you to make a series of measurements
  704. from the data.  The measurements can be displayed graphically or
  705. numerically and can be saved to a file.  The measure values menu
  706. has ten options.
  707. Type:  Selecting this allows you to specify the type of measurement
  708. that will be made from the data.  The five measurement types are:
  709. Average Value, Minimum Value, Maximum Value, Point Value, and
  710. Integral Value.  Average value calculates the average of the data
  711. over the timing selected, the mean and standard deviation will be
  712. calculated.  Minimum and Maximum Value find the minimum and maximum
  713. value, respectively for the data over the timing selected.  Point
  714. value calculates the value of the data at a single point in time. 
  715. Integral value calculates the integral of the data (area under the
  716. data curve) over the timing selected.
  717. Buffer:  This allows the user to select the buffer whose data you
  718. wish to make the measurements of.
  719. Channel:  This allows the user to select the channel of data in the
  720. selected buffer whose data you wish to make measurements of.
  721. Records:  This allows the user to select which data records, on the
  722. selected channel, in the selected buffer, you wish to make
  723. measurements of.
  724. X Axis Values:  This allows the user to enter the type of values
  725. that will be put on the X axis of the data plot (and which would be
  726. put in the first column of an ASCII data file).  The X axis may be
  727. either the record number or voltage.  For voltage, the values are
  728. entered as such: the voltage of the first record in the series, and
  729. an increment, which is how much the voltage is incremented with
  730. each successive record.
  731. Baseline Timing:  This allows the user to select the range of time
  732. in the data records which is the baseline for measuring the values. 
  733. The timing can be selected numerically or by cursor selection.  If
  734. you have selected to make measurements relative to the baseline,
  735. the average value of the data over the baseline timing will be
  736. subtracted from the values measured over the data timing.
  737. Data Timing:  This allows the user to select the range of time in
  738. the data records within which the values will be measured.  The
  739. timing can be selected numerically or by cursor selection.  Note
  740. that if you are measuring at a single point in time, this will be
  741. only a single time point.
  742. Measurements:  This allows the user to specify whether the
  743. measurements that you make should be the actual values of the data
  744. or relative to a baseline measurement.
  745. Go!:  Selecting this causes the measurement operation to proceed. 
  746. If you have chosen to graphically select any of the timing, the
  747. screen will clear and allow you to do this.  After the timings have
  748. all been selected, the measurements will be plotted on the screen
  749. and you have several options.  Hit any key to bring up the menus.
  750. File Data:  This allows the user to put the numerical measurements
  751. into an ASCII (text) file for use in other programs.
  752. View Data:  This allows the user to view the numerical data.
  753. Review Plot:  Selecting this clears away the menus so that you can
  754. see the plot unobstructed.
  755. Quit:  Selecting this leaves this menu.
  756. Quit:  Selecting this leaves the measure values menu.
  757. Mean/Variance:  Selecting this allows you to make a mean/variance
  758. plot from your data.  The variance of the data will be plotted vs
  759. the mean.  This is useful for estimating single channel
  760. conductances from whole-cell currents.  The mean/variance plot can
  761. be displayed graphically or numerically and can be saved to a file. 
  762. The measure mean/variance menu has seven options.
  763. Buffer:  This allows the user to select the buffer whose data you
  764. wish to make the mean/variance analysis from.
  765. Channel:  This allows the user to select the channel of data in the
  766. selected buffer whose data you wish to make the mean/variance
  767. analysis from.
  768. Records:  This allows the user to select which data records, on the
  769. selected channel, in the selected buffer, you wish to make the
  770. mean/variance analysis from.
  771. Data Timing:  This allows the user to select the range of time in
  772. the data records over which the mean and variance will be measured. 
  773. The timing can be selected numerically or by cursor selection.
  774. Subdivisions:  This allows the user to subdivide the timing
  775. specified by Data Timing (above) into multiple, equally sized
  776. subdivisions.  This allows you to generate multiple mean/variance
  777. data points from each record.
  778. Go!:  Selecting this causes the mean/variance measurements to
  779. proceed.  If you have chosen to graphically select any of the
  780. timing, the screen will clear and allow you to do this.  After the
  781. timings have all been selected, the mean/variance plot will appear
  782. on the screen and you have several options.  Hit any key to bring
  783. up the menus.
  784. File Data:  This allows the user to put the mean and variance
  785. measurements into an ASCII (text) file for use in other programs.
  786. View Data:  This allows the user to view the numerical data.
  787. Review Plot:  Selecting this clears away the menus so that you can
  788. see the plot unobstructed.
  789. Quit:  Selecting this leaves this menu.
  790. Quit:  Selecting this leaves the measure mean/variance menu.
  791.  
  792. Histogram:  Selecting this allows you to make a histogram from your
  793. data.  The frequency of occurrence of data values within the
  794. specified bin width will be plotted.  The histogram can be
  795. displayed graphically or numerically and the data can be saved to
  796. a file.  The histogram menu has nine options.
  797. Buffer:  This allows the user to select the buffer whose data you
  798. wish to make the histogram from.
  799. Channel:  This allows the user to select the channel of data in the
  800. selected buffer whose data you wish to make the histogram from.
  801. Records:  This allows the user to select which data records, on the
  802. selected channel, in the selected buffer, you wish to make the
  803. histogram from.
  804. Timing:  This allows the user to select the range of time in the
  805. data records over which the histogram will be measured.  The timing
  806. can be selected numerically or by cursor selection.
  807. Histogram Range:  This allows the user to select the range of
  808. values within the data records, over which the histogram will be
  809. calculated.
  810. Width of Bin:  This allows the user to select the size of the bin
  811. used in calculating the histogram.  The number and width of the
  812. bins are interrelated with the histogram range.
  813. Number of Bins:  This allows the user to select the number of bins
  814. used for the histogram.  The number and width of the bins are
  815. interrelated with the histogram range.
  816. Go!:  Selecting this causes the histogram calculation to proceed. 
  817. If you have chosen to graphically select the timing, the screen
  818. will clear and allow you to do this.  After the timing has been
  819. selected, the histogram plot will appear on the screen and you have
  820. several options.  Hit any key to bring up the menus.
  821. File Data:  This allows the user to put the histogram measurements
  822. into an ASCII (text) file for use in other programs.
  823. View Data:  This allows the user to view the histogram data in a
  824. numerical format.
  825. Review Plot:  Selecting this clears away the menus so that you can
  826. see the histogram plot unobstructed.
  827. Quit:  Selecting this leaves this menu.
  828. Quit:  Selecting this leaves the measure histogram menu.
  829.  
  830. Power Spectrum:  Selecting this allows the user to generate a power
  831. spectrum from data.  The power spectrum can be displayed
  832. graphically or numerically and the data can be saved to a file. 
  833. The power spectrum menu has nine options.
  834. Buffer:  This allows the user to select the buffer whose data you
  835. wish to make the power spectrum from.
  836. Channel:  This allows the user to select the channel of data in the
  837. selected buffer whose data you wish to make the power spectrum
  838. from.
  839. Records:  This allows the user to select which data records, on the
  840. selected channel, in the selected buffer, you wish to make the
  841. power spectrum from.
  842. Timing:  This allows the user to select the range of time in the
  843. data records over which the power spectrum will be measured.  The
  844. timing can be selected numerically or by cursor selection.
  845. Number of Poles:  This allows the user to select the number of
  846. poles (or order) for the power spectrum.  This determines the
  847. sharpness of the spectral features you can measure in the spectrum. 
  848. In practice you wants to limit the order to a few times the number
  849. of sharp spectral features that you want to fit.  Limiting it in
  850. this fashion will smooth the spectrum somewhat, but this is often
  851. desirable.  Try values of 10-50 for 1000 to 10000 data points. 
  852. Note that the algorithm used can be quirky for large numbers of
  853. poles and will suggest spurious peaks in the spectrum, or might
  854. find multiple peaks for a single true spectral peak.  So try to use
  855. the smallest values.
  856. Frequency Range:  This allows the user to select the frequency
  857. range over which the power spectrum will be calculated.  Note that
  858. the maximum frequency for which you can calculate the power
  859. spectrum is limited to one half the sampling frequency.  The
  860. frequency range and interval are interrelated and limited to 16383
  861. data points.
  862. Freq Interval:  This allows the user to select the frequency
  863. interval for the power spectrum.  The frequency interval and range
  864. are interrelated and limited to 16383 data points.
  865. Go!:  Selecting this cause the power spectrum calculation to
  866. proceed.  If you have chosen to graphically select the timing, the
  867. screen will clear and allow you to do this.  After the timing has
  868. been selected, the power spectrum will be calculated and plotted on
  869. the screen, you then have several options.  Hit any key to bring up
  870. the menus.
  871. File Data:  This allows the user to put the power spectrum
  872. measurements into an ASCII (text) file for use in other programs.
  873. View Data:  This allows the user to view the power spectrum data in
  874. a numerical format.
  875. View Coefficients:  This allows the user to view the coefficients
  876. used in generating the power spectrum.  This probably isn't very
  877. useful to you.
  878. Review Plot:  Selecting this clears away the menus so that you can
  879. see the power spectrum plot unobstructed.
  880. Quit:  Selecting this leaves this menu.
  881. Quit:  Selecting this leaves the measure power spectrum menu.
  882.  
  883. Input Resistance:  Selecting this allows the user to calculate the
  884. input resistance for data recorded under voltage-clamp.  The input
  885. resistance is best calculated from data that has no
  886. voltage-activated currents.  The input resistance menu has eight
  887. entries:
  888. Buffer:  This allows the user to select the buffer whose data you
  889. wish to calculate the input resistance from.
  890. Channel:  This allows the user to select the channel of data in the
  891. selected buffer whose data you wish to calculate the input
  892. resistance from.
  893. Records:  This allows the user to select which data records, on the
  894. selected channel, in the selected buffer, whose data you wish to
  895. calculate the input resistance from.
  896. V (mV):  This allows the user to specify the voltage range for the
  897. range of records that you wish to calculate the input resistance
  898. from.  If more than one record is specified, you will be prompted
  899. for a voltage and an increment.  The voltage, should be the voltage
  900. for the starting record, the increment specifies how much the
  901. voltage is to be incremented with each successive record.  The
  902. starting voltage should be relative to the holding potential.
  903. Baseline Timing:  This allows the user to select the range of
  904. timing in the data records that is the baseline for calculating the
  905. input resistance.  The baseline timing may be selected either
  906. graphically or numerically.
  907. Data Timing:  This allows the user to select the range of timing in
  908. the data records over which the input resistance will be
  909. calculated.  This timing may be selected either graphically or
  910. numerically.
  911. Go!:  Selecting this item causes the input resistance to be
  912. calculated and displayed in megaohms.  If you have chosen to
  913. graphically select the timing(s), the screen will first clear and
  914. allow you to do this.
  915. Quit:  Selecting this item cancels this operation, the input
  916. resistance is not calculated.
  917.  
  918. Cell Capacitance:  Selecting this allows the user to calculate the
  919. cell capacitance for data recorded under voltage-clamp.  The
  920. capacitance is measured by calculating the area under a
  921. voltage-clamp current transient.  Data should be leak subtracted
  922. first, no voltage-activated currents should be active in the data. 
  923. The cell capacitance menu has eight entries:
  924. Buffer:  This allows the user to select the buffer whose data you
  925. wish to calculate the cell capacitance from.
  926. Channel:  This allows the user to select the channel of data in the
  927. selected buffer whose data you wish to calculate the cell
  928. capacitance from.
  929. Records:  This allows the user to select which data records, on the
  930. selected channel, in the selected buffer, whose data you wish to
  931. calculate the cell capacitance from.
  932. V (mV):  This allows the user to specify the voltage range for the
  933. range of records that you wish to calculate the cell capacitance
  934. from.  If more than one record is specified, you will be prompted
  935. for a voltage and an increment.  The voltage, should be the voltage
  936. for the starting record, the increment specifies how much the
  937. voltage is to be incremented with each successive record.  The
  938. starting voltage should be relative to the holding potential.
  939. Baseline Timing:  This allows the user to select the range of
  940. timing in the data records that is the baseline for calculating the
  941. cell capacitance.  The baseline timing may be selected either
  942. graphically or numerically.
  943. Data Timing:  This allows the user to select the range of timing in
  944. the data records over which the cell capacitance will be
  945. calculated.  This timing should encompass the full width of the
  946. capacitive transient.  The data timing may be selected either
  947. graphically or numerically.
  948. Go!:  Selecting this item causes the cell capacitance to be
  949. calculated and displayed in picofarads.  If you have chosen to
  950. graphically select the timing(s), the screen will first clear and
  951. allow you to do this.
  952. Quit:  Selecting this item cancels this operation, the cell
  953. capacitance is not calculated.
  954.  
  955. Series Resistance:  Selecting this allows the user to calculate the
  956. series resistance for data recorded under voltage-clamp.  The
  957. series resistance is measured by calculating the height of a
  958. voltage-clamp transient.  Data should be leak-subtracted first. 
  959. Note that this method is not the best method to calculate Rs, and
  960. will give an underestimate.  The series resistance menu has eight
  961. entries:
  962. Buffer:  This allows the user to select the buffer whose data you
  963. wish to calculate the series resistance from.
  964. Channel:  This allows the user to select the channel of data in the
  965. selected buffer whose data you wish to calculate the series
  966. resistance from.
  967. Records:  This allows the user to select which data records, on the
  968. selected channel, in the selected buffer, whose data you wish to
  969. calculate the series resistance from.
  970. V (mV):  This allows the user to specify the voltage range for the
  971. range of records that you wish to calculate the series resistance
  972. from.  If more than one record is specified, you will be prompted
  973. for a voltage and an increment.  The voltage, should be the voltage
  974. for the starting record, the increment specifies how much the
  975. voltage is to be incremented with each successive record.  The
  976. starting voltage should be relative to the holding potential.
  977. Baseline Timing:  This allows the user to select the range of
  978. timing in the data records that is the baseline for calculating the
  979. series resistance.  The baseline timing may be selected either
  980. graphically or numerically.
  981. Data Timing:  This allows the user to select the range of timing in
  982. the data records over which the series resistance will be
  983. calculated.  This timing may be selected either graphically or
  984. numerically.
  985. Go!:  Selecting this item causes the series resistance to be
  986. calculated and displayed in megaohms.  If you have chosen to
  987. graphically select the timing(s), the screen will first clear and
  988. allow you to do this.
  989. Quit:  Selecting this item cancels this operation, the series
  990. resistance is not calculated.
  991.  
  992. Config Menu:
  993. Graphics Display:  Selecting this option allows the user to specify
  994. the type of graphics display installed and the display resolution
  995. that Tack should use.  Normally, the graphics autodetect setting
  996. should be used.  For a given display type to be used, the requisite
  997. display driver file (they have the extension ".bgi") MUST be
  998. present in the same directory as Tack.
  999. Display Type:  Selecting this option allows the user to select a
  1000. graphics display type.  Twelve settings are available.
  1001. Note:  If your computer does not support the display type that you
  1002. have selected, you may well crash the program when you try to
  1003. switch display types.
  1004. Resolution:  Selecting this option allows the user to select a
  1005. display resolution for the selected display type.  Note that some
  1006. display types have only one available resolution.
  1007. Note:  If your computer's display adapter does not support the
  1008. resolution that you have selected, you may well crash the program
  1009. when you try to switch display resolutions.
  1010. Okay:  Selecting this option causes any changes that have been made
  1011. to the graphics display type and resolution to go into effect.
  1012. Cancel:  Selecting this option causes any changes that have been
  1013. made to the graphics display type and resolution to be cancelled.
  1014.  
  1015. Colors:  When this option is selected a color demonstration window
  1016. appears and a menu appears from which the user can select the
  1017. colors of the various components of the Tack screen.  The various
  1018. components are the menu bar, status line, popup boxes and data
  1019. window.  For menus, the user can control the background, text,
  1020. frame and select letter colors.  For the status line, the user can
  1021. control the background and text colors.  For popup boxes, the user
  1022. can control the background, text and frame colors.  For the data
  1023. window, the user can control the background, frame and axis colors
  1024. as well as the colors for the data in up to eight buffers.
  1025. Menus:
  1026. Status Line:
  1027. Popup Boxes:
  1028. Data Window:
  1029.      When the user selects one of these menu options, another menu
  1030. appears from which the user can select the color for the elements
  1031. of the windows (i.e. frame color of popup window).  Clicking on an
  1032. element will select the next available color for that element, this
  1033. will be shown in the color demonstration window.  Typing the select
  1034. letter of that element will do the same.  Holding the SHIFT key
  1035. down while typing the select letter of that element will select the
  1036. previous color for that element.  Select Okay when you are done
  1037. setting the colors.
  1038. Use Defaults:  When this option is selected, the colors of all of
  1039. the elements of the Tack display revert to their default settings.
  1040. Okay:  Selecting this option causes any changes that have been made
  1041. to the color scheme to go into effect.
  1042. Cancel:  Selecting this option causes any changes that have been
  1043. made to the color scheme to be cancelled.
  1044.  
  1045. Font:  Selecting this option allows the user to specify the font
  1046. that will be used by Tack.  For all but the default font, the
  1047. requisite font file (they have the extension ".chr") MUST be
  1048. present in the same directory as Tack.  An example of some text
  1049. written in the selected font is displayed.
  1050. Font:  Selecting this option allows the user to select the font
  1051. family that will be used by Tack.  Eleven font families are
  1052. available.  The default font is a bit-mapped font, the others are
  1053. stroked (outline) fonts.
  1054. Height:  Selecting this option allows the user to set the height of
  1055. the font that will be used by Tack.  If the selected font family is
  1056. the default, bit-mapped font, the height and the width must be the
  1057. same.
  1058. Width:  Selecting this option allows the user to set the width of
  1059. the font that will be used by Tack.  If the selected font family is
  1060. the default, bit-mapped font, the height and the width must be the
  1061. same.
  1062. Okay:  Selecting this option causes any changes that have been made
  1063. to the font to go into effect.
  1064. Cancel:  Selecting this option causes any changes that have been
  1065. made to the font to be cancelled.
  1066.  
  1067. Printer:  Selecting this option allows the user to specify the type
  1068. of printer that Tack will use and its configuration.
  1069. Printer:  Selecting this option allows the user to specify the type
  1070. of printer that is installed.  Six printer options are available:
  1071. None:  No printer is attached.
  1072. Apple Imagewriter II:  This printer configuration will also work
  1073. with a C-Itoh 8510.
  1074. IBM Proprinter:  This printer configuration will also work with
  1075. many other Epson compatible printers.
  1076. HP Laserjet 2:  This printer configuration will also work with many
  1077. other PCL-4  compatible printers.
  1078. HP Plotter (HPGL):  This printer configuration will also work with
  1079. many other HPGL compatible printers.  It is useful to select this
  1080. mode and print to a file in order to export data traces for use in
  1081. other programs.
  1082. HP Laserjet 3:  This printer configuration uses the HPGL mode of
  1083. PCL-5. BUT, unless your printer has a bunch of memory it may not
  1084. work.  Use Laserjet Series II mode in that case.
  1085. Destination:  Selecting this option tells Tack where to find your
  1086. printer.  The destination can be to file, or the selected parallel
  1087. or serial port.  If the destination is file, then whenever you
  1088. print, the print job will go to a file in the format used by the
  1089. selected printer.  Printing to file is useful for exporting data
  1090. traces in a graphical format, using HPGL files.  If the destination
  1091. is a serial port, the menu that appears will allow you to configure
  1092. Tack to use the same serial port configuration as the serial
  1093. printer you have attached.
  1094. Orientation:  Selecting this option allows the user to set the
  1095. orientation for the print job, landscape (wide) or portrait
  1096. (narrow).
  1097. Settings:  Selecting this option allows the user to controls
  1098. settings for specific printers.  For dot matrix printers, this
  1099. allows you to set whether the print will be bold (two passes) or
  1100. normal.  For Laserjet printers, this allows you to set the print
  1101. resolution in dots per inch (dpi).
  1102. Okay:  Selecting this option causes any changes that have been made
  1103. to the printer configuration to be saved.
  1104. Cancel:  Selecting this option causes any changes that have been
  1105. made to the printer configuration to be cancelled.
  1106.  
  1107. Display Options:  Selecting this option allows the user to control
  1108. aspects of how data is displayed on the screen.
  1109. Show all pts in record:  If this is enabled then Tack will display
  1110. all of the data points for a given record on the screen.  That is,
  1111. if there are more data points in a record than there are pixels on
  1112. the screen horizontally then Tack will show multiple Y points for
  1113. each X point.  If this is disabled then Tack will only display one
  1114. Y point for each X point.  Disabling this feature causes the
  1115. display to draw faster.
  1116. Connect the points:  If this is enabled then Tack will connect the
  1117. data points on the screen with lines.  This causes the display of
  1118. data to look nicer, but significantly slows the display of data.
  1119. Grid and Axes:  Selecting this option allows the user to configure
  1120. how the grid and axes in the data window(s) are displayed.  There
  1121. are five items on this menu:
  1122. X Axis:  Selecting this option allows the user to specify where X
  1123. axes are to be placed in each data window.  The user can select a
  1124. variety of  X axes varying from none to three, appearing at the
  1125. top, middle and bottom of each window.
  1126. Y Axis:  Selecting this option allows the user to specify where Y
  1127. axes are to be placed in each data window.  The user can select a
  1128. variety of  Y axes varying from none to three, appearing at the
  1129. left, middle and right of each window.
  1130. Grid:  Selecting this option allows the user to specify the
  1131. appearance of the grid in the data window(s).  The grid can be
  1132. horizontal, vertical, both horizontal & vertical or neither.  The
  1133. spacing of the grid is determined by the number of divisions (see
  1134. next item).
  1135. Division:  Selecting this option allows the user to specify the
  1136. number of divisions for both the X and Y axes.  The number of 
  1137. divisions determines where the ticks are placed on the X and Y axes
  1138. and the spacing of the grid.
  1139. Line Style:  Selecting this option allows the user to specify the
  1140. line style for the grid.  The line style is specified by a
  1141. hexadecimal number (0 -> FFFF) which specifies how the line is
  1142. displayed.  FFFF corresponds to a solid line, while 0 corresponds
  1143. to no line.  A value of  0F0F would make a dashed line, while 1
  1144. would make a faintly dotted line.
  1145. Okay:  Selecting this option exits the display options menu.
  1146.  
  1147. Other Options:  Selecting this option allows the user to control
  1148. several very important aspects of Tack's operation.  These are
  1149. described below:
  1150. XMS:  Enabling this feature allows Tack to use memory accessed via
  1151. the XMS specification in order to store data acquired before
  1152. writing it to disk.  XMS memory is memory above the 1 MB boundary
  1153. on PC-AT class computers (80286 and above class microprocessors). 
  1154. This memory can only be accessed if you have installed the XMS
  1155. driver HIMEM.SYS (supplied free of charge by Microsoft), or a
  1156. compatible XMS driver (e.g. Desqview's QEMM memory manager) in your
  1157. config.sys file.  The use of XMS allows Tack to store data above
  1158. the conventional memory area, which allows more room for Tack to
  1159. work.  This feature need not be disabled unless you suspect a
  1160. problem or else have other needs.
  1161. Sounds:  Selecting this toggles the state of sound generation by
  1162. Tack.  If sounds are disabled, then Tack will make no noise.
  1163. Okay:  Selecting this causes any changes that have been made to the
  1164. items on this menu to be saved.
  1165. Cancel:  Selecting this causes any changes that have been made to
  1166. the items on this menu to be discarded.
  1167.  
  1168. Write Config File:  Selecting this option causes the current
  1169. configuration data to be written to the Tack.cfg configuration
  1170. file.  Only the items that are on controlled by config menu are
  1171. stored in this file.  These are:
  1172. - Graphics display adapter & resolution
  1173. - Colors
  1174. - Font
  1175. - Printer
  1176. - Sounds
  1177. - Display Settings (Show All Pts, Connect the Pts, Grid)
  1178. - XMS Usage
  1179.  
  1180. Conclusion
  1181.      I hope that you understand all of the features that I have
  1182. described here and that Tack serves you well.  I would appreciate
  1183. your comments on the program and manual.  I always want to know
  1184. about bugs in my program and will endeavor to fix them as speedily
  1185. as is possible.  I am not responsible for any loss of data or
  1186. damage caused by this program.  I also would value your suggestions
  1187. for new features and ways to improve this program.  I can be
  1188. reached at the following addresses:
  1189.      George B. Grant               (617) 625-2419 (Home Phone)
  1190.      38 Banks St. #2               (617) 495-2599 (Work Phone)
  1191.      Somerville, MA  02144
  1192.  
  1193.      ggrant@husc.harvard.edu       (e-mail, over the internet)
  1194.           or
  1195.      george@mander.berkeley.edu
  1196.  
  1197.      72722,3152                    (Compuserve address)
  1198.